Здравствуйте.
Несмотря, что у вас на руках есть платежные поручения с отметкой, у налоговой инспекции в таких обстоятельствах может возникнуть некая коллизия. Налоговая не получает информации о выполнении налогоплательщиком своих обязанностей, поскольку платеж не дошел до получателя – бюджета РФ.
Обычно налоговая инспекция признает недоимкой ту сумму, которую необходимо было оплатить, и которая так и не дошла до бюджета. Более того, налогоплательщику будут предъявлены санкции в виде пеней и штрафов (п. 1 ст. 69, пп. 1, 2 ст. 70, пп. 1, 3 ст. 75 НК РФ).
В данном случаи вам необходимо направить в налоговую инспекцию заявление или информационное письмо и приложить к нему документы, способные подтвердить факт платежа по налогу.
Так же следует быть готовым к тому, что инспекция даже при получении документов, подтверждающих оплату налогов налогоплательщика, признает обязанность по уплате налога неисполненной. Налоговый орган на основании п. 1 ст. 69 НК РФ выставит требование об уплате налога и предъявит санкции в виде пеней и штрафов.
Это требование надо обязательно обжаловать сначала в вышестоящей налоговой инстанции, а затем, если результат окажется неудовлетворительным, в арбитражном суде (пп. 12 п. 1 ст. 21, ст. 137, п. 1 ст. 138 НК РФ).
Сергей!
Также по Вашему вопросу существует судебная практика, например Постановление ФАС Дальневосточного округа от 11 июня 2009 г. N Ф03-2459/2009. В нем указано:
С уважением, Дарья Кузьмина!
Здравствуйте, Сергей.
Обязанность по уплате сумм налогов в бюджет считается исполненной налогоплательщиком с момента предъявления в банк поручения о перечислении денежных средств в бюджетную систему Российской Федерации со счета налогоплательщика при наличии на нем достаточного денежного остатка на день платежа, за исключением случаев, когда налогоплательщик действовал в обход закона.
По данному вопросу есть обзор Верховного суда:
Пункт 32 «Обзора судебной практики Верховного Суда Российской Федерации N 5 (2017)» (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 27.12.2017)
Таким образом, при добросовестном поведении Вашей компании и должной осмотрительности Ваша компания считается исполнившей обязанность по уплате налога.