Максим, добрый вечер!
Нулевая ставка НДС применяется в следующих случаях:
Налоговый кодекс РФ, ст. 164
1. Налогообложение производится по налоговой ставке 0 процентов при реализации:
2.1) услуг по международной перевозке товаров.
Положения настоящего подпункта распространяются также на следующие услуги, оказываемые российскими организациями или индивидуальными предпринимателями:
услуги по предоставлению железнодорожного подвижного состава и (или) контейнеров для осуществления международных перевозок;
(в ред. Федерального закона от 27.11.2017 N 350-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)
транспортно-экспедиционные услуги, оказываемые на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки. В целях настоящей статьи к транспортно-экспедиционным услугам относятся участие в переговорах по заключению контрактов купли-продажи товаров, оформление документов, прием и выдача грузов, завоз-вывоз грузов, погрузочно-разгрузочные и складские услуги, информационные услуги, подготовка и дополнительное оборудование транспортных средств, услуги по организации страхования грузов, платежно-финансовых услуг, услуги по таможенному оформлению грузов и транспортных средств, а также разработка и согласование технических условий погрузки и крепления грузов, розыск груза после истечения срока доставки, контроль за соблюдением комплектной отгрузки оборудования, перемаркировка грузов, обслуживание и ремонт универсальных контейнеров грузоотправителей, обслуживание рефрижераторных контейнеров и хранение грузов в складских помещениях и на открытых площадках экспедитора.
Положения настоящего подпункта не распространяются на услуги указанных в подпункте 9 настоящего пункта российских перевозчиков на железнодорожном транспорте;
Положения настоящего подпункта распространяются также и на услуги, указанные в абзацах четвертом и пятом настоящего подпункта, оказываемые при организации и осуществлении перевозок железнодорожным транспортом от места прибытия товаров на территорию Российской Федерации (от портов или пограничных станций, расположенных на территории Российской Федерации) до станции назначения товаров, расположенной на территории Российской Федерации
9.1) выполняемых (оказываемых) российскими перевозчиками на железнодорожном транспорте:
работ (услуг) по перевозке или транспортировке товаров, вывозимых с территории Российской Федерации на территорию государства — члена Таможенного союза, и работ (услуг), непосредственно связанных с перевозкой или транспортировкой указанных товаров, стоимость которых указана в перевозочных документах на перевозку товаров
Таким образом, для применения ставки 0% должны выполняться следующие условия:
1. перевозчик не является российским перевозчиком на жд транспорте
2. между вашими организациями заключен Договор транспортной экспедиции, требования к которому установлены вышеназванной статье
3. услуги оказаны перевозчиком (в т.ч., и с привлечением третьих лиц), участвующим в организации международных перевозок морскими и речными судами, а также судами смешанного плавания, воздушными судами, жд транспортом или автомобилями
4. один из пунктов (отправления или назначения) находится за пределами РФ.
Кроме того, услуги, оказываемые экспедитором, должны быть включены в перечень «Услуги транспортно-экспедиторские» ГОСТ Р 52298-2004, утвержденного приказом Ростехрегулирования от 30 декабря 2004 г. № 148-ст.
Для подтверждения права на нулевую ставку НДС субисполнители, привлеченные для оказания услуг по международной перевозке товаров, должны представить в налоговую инспекцию:– договор (копию договора), заключенный с иностранным или российским заказчиком услуг по международной перевозке. Если заказчик не является экспортером или импортером, дополнительно понадобится копия договора, заключенного между ним и экспортером (импортером);– копии транспортных, товаросопроводительных и (или) иных документов, подтверждающих вывоз товаров за пределы России (ввоз товаров в Россию), с учетом особенностей, установленных подпунктом 3 пункта 3.1 статьи 165 Налогового кодекса РФ.
http://xn--80abgj3aohnkghy.xn-...
Более подробную информацию по Вашему вопросу можно найти также по этой ссылке http://xn--80abgj3aohnkghy.xn-...
Что касается применения ставок 0% и 18%
Судебная практика исходит из того, что условие договора о ставке 18% в случае если услуги облагаются по ставке 0% является ничтожным условием договора в силу прямого нарушения закона (например, Постановление Президиума ВАС РФ от 17.04.2012 N 16627/11). Высший Арбитражный Суд исходит из подхода о том, что, допустив уплату налога по операции при отсутствии к тому законного основания, покупатель права на налоговый вычет не имеет (Постановление Президиума ВАС РФ от 20.06.2006 N 14588/05).
Защита от такого нарушения — иск из неосновательного обогащения.
Если Ваша организация отвечает предъявляемым Налоговым кодексом требованиям, а также в случае если заключенный ВАми и компанией Б контракт отвечает требованиям ФЗ «О транспортно-экспедиционной деятельности», то да, Вы должны указать нулевой НДС.
Иск о неосновательном обогащении вправе предъявить компания Б, которая оплачивает услуги по договору. Дело в том, что в стоимость Ваших услуг будет включена ставка 18%, которая в данном случае (опять же — при выполнении всех условий) применяться не должна. Компания Б вправе обратиться в суд в случае, если Вы установите в договоре стоимость услуг +18% НДС, а компания Б оплатит стоимость услуг+18% с иском из неосновательного обогащения Вашей организации в связи с тем, что Вами, как экспедитором, была допущен ошибка в квалификации операции и, соответственно ставок.