Препятствий не вижу:
Статья 325. Компенсация расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно
Лица, работающие в организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, имеют право на оплату один раз в два года за счет средств работодателя стоимости проезда и провоза багажа в пределах территории Российской Федерации к месту использования отпуска и обратно. Право на компенсацию указанных расходов возникает у работника одновременно с правом на получение ежегодного оплачиваемого отпуска за первый год работы в данной организации.
Трудовой кодекс РФ
За вами сохранялось рабочее место, соответственно, шли все необходимые сроки.
Но, если вы не федерал, лучше все же посмотреть коллективный договор вашей организации. Случаи бывают всякие.