Исчерпывающий перечень оснований для отказа указан в статье 39.16 Земельного кодекса РФ (в редакции после 1 марта 2015 года). Правда иногда администрация принимает свой регламент на который ссылается в отказе (так например происходит в г. Перми), который по сути дублирует земельный кодекс только несколько запутанней.
Также необходимо различать решение об отказе в предварительном согласовании предоставления земельного участка и уведомление о возврате заявления. В последнем случае это неверное заполнение заявление и нужно просто его поправить в соответствии с правилами ст. 39.15 ЗК РФ.
Если вы получили уже решение об отказе то необходимо смотреть конкретное основание. Если не подходит сам участок то проконтролировать чиновников можно путем запросов сведений об указанной территории.
Если они ссылаются на занятость участка третьими лицами сведений о которых нет в росреестре и публичной кадастровой карте или заявке других граждан на вашу публикацию, то проверить можно только путем оспаривания данного отказа в суд или в прокуратуру. Прокуратура проверит сама, а в суде чиновникам придется предоставить те документы на основании которых они отказали.