Что делать, если повторно временно не прописывают?

У миграционной службы хватает своей работы, поэтому возможно и скорее всего не обратят внимания. 

По вопросу регистрации надо обращаться к собственнику, т.е., как я понял, к банку. Напишите им письмо с просьбой оформить временную регистрацию, отправьте заказным. Если Вам предъявят претензию о том, что Вы живете без регистрации, то покажете письмо в банк с просьбой о разрешении на временную регистрацию. В этом случае, не будет вашей вины в том, что Вы живете в квартире по ипотеке, без регистрации. 

Здравствуйте Алексей!

Статья 19.15.2. Нарушение правил регистрации гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении

(введена Федеральным законом от 21.12.2013 N 376-ФЗ)

 
1. Нарушение правил регистрации гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении, если эти действия не содержат признаков уголовно наказуемого деяния, — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на нанимателей, собственников жилого помещения (физических лиц) — от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на должностных лиц — от двадцати пяти тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на юридических лиц — от двухсот пятидесяти тысяч до семисот пятидесяти тысяч рублей.
2. Нарушение, предусмотренное частью 1 настоящей статьи, совершенное в городе федерального значения Москве или Санкт-Петербурге, — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от трех тысяч до пяти тысяч рублей; на нанимателей, собственников жилого помещения (физических лиц) — от пяти тысяч до семи тысяч рублей; на должностных лиц — от тридцати тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на юридических лиц — от трехсот тысяч до восьмисот тысяч рублей.

В Вашем случае  штрафа можно избежать и оспорить ввиду того, что причины нарушения сроки регистрации будут уважительными.