Законно ли оплату приняла одна организация, а вторая присылает квитанцию с долгом?

Олег, здравствуйте.

Согласно п. 1 статьи 1102 ГК РФ Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.

В данном случае я бы посоветовала обратиться в организацию, на имя которой Вы перечислили денежные средства, с претензией о возврате денежных средств, после чего обратиться в суд с требованием о возврате суммы неосновательного обогащения.

Одновременно было бы правильным направить в «правильную» организацию запрос об основаниях, по которым «неправильная» организация не может получать денежные средства. Письменный ответ (его копию) целесообразно приложить к исковому заявлению и к претензии к «неправильной» организации.