Что делать, если я работаю по срочному ТД и при реорганизации предприятия меня хотят уволить?

Екатерина, начнем разбираться. По ТК ваш договор должен был закончится в момент выхода основного работника ст. 79 ТК РФ:

Трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.

Далее. что касается реорганизации, ГК РФ СТ. 57

Реорганизация юридического лица (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) может быть осуществлена по решению его учредителей (участников) или органа юридического лица, уполномоченного на то учредительным документом.

т. е. при реорганизации предприятие не прекращает своей деятельности и по закону работники не должны при этом страдать… Трудовой договор может быть расторгнут только по желанию работника (ст. 75ТК РФ)

 Работодатель может быть привлечен к административной ответственности.