Могут ли два раза оштрафовать за одно и то же правонарушение?

Ч. 2 ст. 12.1 КоАП РФ 

2. Управление легковым такси, автобусом или грузовым автомобилем, предназначенным и оборудованным для перевозок людей, с числом мест для сидения более чем восемь (кроме места для водителя), специализированным транспортным средством, предназначенным и оборудованным для перевозок опасных грузов, которые не прошли государственный технический осмотр или технический осмотр, -

Данное правонарушение выражается в  управлении водителем  транспортным средством, не прошедшим государственный технический осмотр или технический осмотр.

Субъект правонарушения — водитель.

ч. 1 ст. 12.31 КоАП РФ

1. Выпуск на линию транспортного средства, не зарегистрированного в установленном порядке или не прошедшего государственного технического осмотра или технического осмотра, —

Под выпуском транспортного средства на линию понимается разрешение на выезд из гаража, автохозяйства и т.п., данное должностным лицом, ответственным за техническое состояние и эксплуатацию транспортных средств, в устной или письменной форме.

таким образом, Вас правильно  привлекли  к административной ответственности  по разным основаниям, если Вы  являлись водителем автотранспортного средства без техосмотра и одновременно   являетесь  лицом,   ответственным за выпуск машин на линию.  (как руководитель  юридического лица, его сотрудник или ИП по договору)

Здравствуйте Иван.Автомобиль если  используется в предпринимательской деятельности То Вы должны Как ИП нести ответственность как юридическое лицо.нооо ЕСЛИ  Вас вызвали в кабинет через два дня, то это неправомерно, так как Вас не задержали при управлении транспортным средством 27 -го, так и нужно в суде говорить.Так как

  1. Протокол об административном правонарушении составляется немедленно после выявления совершения административного правонарушения.

Или 

2. Решение о возбуждении дела об административном правонарушении и проведении административного расследования принимается должностным лицом, уполномоченным в соответствии со статьей 28.3 настоящего Кодекса составлять протокол об административном правонарушении, в виде определения, а прокурором в виде постановления немедленно после выявления факта совершения административного правонарушения.

Но за данное правонарушение ИП несет ответственность как юр.лицо

ст.12.31 КоАп
Примечание. За административные правонарушения, предусмотренные настоящей статьей, лица, осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, несут административную ответственность как юридические лица.

Удачи ВАм