Добрый день, Евгений! Я внимательно изучил Ваш вопрос и могу пояснить следующее.
В соответствии со ст. 135 Трудового кодекса РФ заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.
Как видно из текста приведенной статьи произвольное применение каких-либо штрафов работодателем не соответствует закону.
Согласно ст. 137 Трудового кодекса РФ удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:
для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;
для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;
для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда или простое;
при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска.
Таким образом, введенная Вашим работодателем схема грубо противоречит закону.