Здравствуйте. Да, уголовное дело может продолжиться даже в том случае, если обвиняемый частично возмещает ущерб. Если речь идет о мошенничестве в крупном или особо крупном размере (ст. 159 УК РФ), то само по себе возмещение вреда не прекращает уголовное преследование автоматически. Суд будет учитывать возмещение ущерба как обстоятельство, смягчающее наказание (п. «к» ч. 1 ст. 61 УК РФ), однако мнение потерпевших и факт полного либо неполного возмещения вреда имеют существенное значение.
Если часть потерпевших не согласна с размером компенсации и считает ущерб возмещенным не полностью, они вправе поддерживать гражданские иски в рамках уголовного дела. В этом случае суд рассмотрит вопрос о размере причиненного ущерба и может взыскать оставшуюся сумму.
Прекращение уголовного дела в связи с примирением сторон возможно только по преступлениям небольшой или средней тяжести и при соблюдении условий ст. 76 УК РФ и ст. 25 УПК РФ. По делам о мошенничестве в крупном размере такие основания зачастую неприменимы, особенно если потерпевших много и ущерб значителен.
Поэтому даже если часть потерпевших получит выплаты, а часть откажется из-за неполного возмещения ущерба, это не означает автоматического прекращения дела. При наличии доказанной вины суд вправе вынести обвинительный приговор и назначить наказание с учетом всех обстоятельств дела. Для полного разбора вашего вопроса можете написать мне в личные сообщения.