Добрый день Виктория.
Согласно ФЗ«О статусе военнослужащих»
«При отсутствии по месту военной службы или месту жительства военнослужащих либо по месту прохождения военных сборов гражданами, призванными на военные сборы, военно-медицинских организаций и (или) при отсутствии в них отделений соответствующего профиля, специалистов или специального медицинского оборудования, а также в экстренных или неотложных случаях военнослужащие и граждане, призванные на военные сборы, имеют право на получение медицинской помощи в медицинских организациях государственной системы здравоохранения и муниципальной системы здравоохранения.
Расходы, связанные с оказанием медицинской помощи военнослужащим и гражданам, призванным на военные сборы, в медицинских организациях государственной системы здравоохранения и муниципальной системы здравоохранения, возмещаются в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, за счет средств федерального бюджета, предусмотренных на эти цели федеральным органам исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.»
Так как Вы прикреплены к военной поликлинике или к госпиталю, то Вам нужно было обращаться туда за соответствующей справкой. В данном случае Ваш командир прав