Не очень понятно что Вы имеете в виду под словом «сайт» в контексте своего вопроса.
Если речь о домене, то это не совсем объект IP и его лучше рассматривать как инфраструктуру если по-простому. Правильнее всего Вам в этом случае все-таки сделать совместное юридическое лицо в необходимых долях владения и передать права управления доменом этому юридическому лицу.
Если же речь именно о сайте, как сложном (составном) произведении и объекте интеллектуальной собственности (в понимании ст. 1260 ГК РФ), то теоретически Вы конечно можете сделать и какой-то договор товарищества совместный и что-то другое, но правильнее в конечном счете все-равно это оформлять на юридическое лицо с совместным владением (как туда этот объект IP передать повторно от текущего правообладателя — это уже другой вопрос, но в принципе технический)