Что делать, если бухгалтер неверно начисляет зарплату?

Трудовой кодекс РФ.

Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:
для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;
для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;
для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
В случаях, предусмотренных абзацами вторым, третьим и четвертым части второй настоящей статьи, работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.
Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
счетной ошибки;
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.

Не являются счетными ошибками:
— выплата работнику одной и той же суммы дважды;
— расчет с применением неверных данных (например, не того тарифа, оклада или коэффициента);
— ошибки, возникшие из-за сбоев программы;
— ошибки, допущенные в платежном поручении;
— неправильное применение законодательства при расчете.
Если ошибка в зарплате не является счетной, то удержать излишне выплаченную сумму можно только по заявлению самого работника.
В случае когда ошибка счетная, сначала письменно уведомите работника о том, что из-за счетной ошибки за ним числится задолженность, укажите ее сумму и срок для погашения. Его вы устанавливаете сами, например, до следующей выплаты зарплаты. Если работник не погасит долг в этот срок, издайте приказ об удержании и ознакомьте с ним работника под роспись. Сделать это надо в течение месяца со дня окончания срока, установленного для возврата.
Внимание! Работник должен написать на приказе, что согласен с суммой и основанием удержания. Если он не соглашается, взыскать с него деньги можно только через суд (ст. 137 ТК РФ).

Ваш бухгалтер делает такие ошибки за которые можно получить штрафы в адрес юр.лица, либо должностных лиц от контролирующих структур. Рекомендую обратиться со служебной запиской к руководителю, для того чтобы он провел служебную проверку на предмет соответствия бухгалтера занимаемой должности, так и ее действий в отношении сотрудников.