Здравствуйте, Светлана!
Думаю здесь все во многом зависит от того, как именно вы оформите ваши отношения с бабушкой.
Если она лишь напишет отказ, то вы становитесь наследником, а значит, ваши расчеты никак не привязаны к приобретаемому вами имуществу.
Статья 1158. Отказ от наследства в пользу других лиц и отказ от части наследства
1. Наследник вправе отказаться от наследства в пользу других лиц из числа наследников по завещанию или наследников по закону любой очереди независимо от призвания к наследованию, не лишенных наследства (пункт 1 статьи 1119), а также в пользу тех, которые призваны к наследованию по праву представления (статья 1146) или в порядке наследственной трансмиссии (статья 1156).
А если вы заключите именно соглашение о разделе имущества, то здесь будет считаться, что вы выкупили долю у бабушки. Здесь у вас есть основания для получения вычета.
Статья 1165. Раздел наследства по соглашению между наследниками
1. Наследственное имущество, которое находится в общей долевой собственности двух или нескольких наследников, может быть разделено по соглашению между ними.
К соглашению о разделе наследства применяются правила настоящего Кодекса о форме сделок и форме договоров.
А самый простой вариант, это если бабушка примет наследство, а затем продаст вам свою долю.
Вы с бабушкой не признаетесь по НК взаимозависимыми лицами, поэтому можете применить имущественный вычет.