Здравствуйте, Анастасия!
Да, конечно. Нет никаких ограничений для вас. Вы можете и быть зарегистрированы индивидуальным предпринимателем, и работать по трудовому договору у любого работодателя.
Только при определенных условиях вас могут признать взаимозависимыми лицами, но это не оказывает существенного влияния на вашу деятельность.
Статья 105.1. Взаимозависимые лица
1. Если особенности отношений между лицами могут оказывать влияние на условия и (или) результаты сделок, совершаемых этими лицами, и (или) экономические результаты деятельности этих лиц или деятельности представляемых ими лиц, указанные в настоящем пункте лица признаются взаимозависимыми для целей налогообложения (далее — взаимозависимые лица).
Как раз у нас такие условия, но при таких условиях я же могу потребовать меня оформить или нет?
Вы можете заключить трудовой договор, если работодатель выразит свое согласие на заключение такого договора. Сами по себе ваши предпринимательские отношения с данной компанией не являются основанием для принятия вас в штат.