Здравствуйте, Павел!
Не совсем понятна позиция вашего бухгалтера. Прежде всего, следует исходить из того, что в бухгалтерском законодательстве есть понятие обязательной инвентаризации:
27. Проведение инвентаризации обязательно:
при передаче имущества в аренду, выкупе, продаже, а также при преобразовании государственного или муниципального унитарного предприятия;
перед составлением годовой бухгалтерской отчетности (кроме имущества, инвентаризация которого проводилась не ранее 1 октября отчетного года). Инвентаризация основных средств может проводиться один раз в три года, а библиотечных фондов — один раз в пять лет. В организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, инвентаризация товаров, сырья и материалов может проводиться в период их наименьших остатков;
при смене материально ответственных лиц;
при выявлении фактов хищения, злоупотребления или порчи имущества;
в случае стихийного бедствия, пожара или других чрезвычайных ситуаций, вызванных экстремальными условиями;
при реорганизации или ликвидации организации;
в других случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации.
(Приказ Минфина РФ от 29.07.1998 N 34н «Об утверждении Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в Российской Федерации»)
Поэтому инвентаризация должна проводится ежегодно.
Проведение инвентаризации в общем-то никак не связано с налоговыми органами и не требует объяснений перед ними. Даже если будет обнаружена недостача товара, это не означает, что вы неправильно исчислили налоги. Это как раз наоборот, свидетельствует о том, что списать недостающие товары в расходы вы не сможете.