Здравствуйте Юрий.
1) Да ваш сын может взять академический отпуск написав Заявление на предоставление академического отпуска (по причине призыва в армию).
Пункт 4 Приказа Министерства образования и науки РФ от 13 июня 2013 г. N 455 «Об утверждении Порядка и оснований предоставления академического отпуска обучающимся»,.
Основанием для принятия решения о предоставлении обучающемуся академического отпуска является личное заявление обучающегося (далее — заявление), а также заключение врачебной комиссии медицинской организации (для предоставления академического отпуска по медицинским показаниям), повестка военного комиссариата, содержащая время и место отправки к месту прохождения военной службы (для предоставления академического отпуска в случае призыва на военную службу), документы, подтверждающие основание предоставления академического отпуска (при наличии).
2) В большинстве вузов денежные средства, внесенные ранее в качестве оплаты обучения, не возвращаются, а засчитываются в счет будущих периодов обучения. При этом, если во время нахождения обучающегося в академическом отпуске произошло повышение стоимости обучения, то, скорее всего, разницу придется доплатить после выхода из отпуска. Более точную информацию можно узнать в уставе учебного заведения или в договоре на получения образования на платной основе.