Здравствуйте, Алексей. Закон не запрещает выделение долей в квартире, которую Вы покупали без участия средств материнского капитала.
Если при покупке жилья в ипотеку вы с супругом, пусть даже в далеком будущем, планируете рождение второго ребенка, рассматривайте варианты с двух-, трехкомнатными квартирами т.д. Если в ипотеку куплена одна квартира, а обязательные доли детям вы желаете выделить в другой, постарайтесь совершить сделку так, чтобы и то и другое жилье оказалось в вашей собственности одновременно и в этот момент обратитесь за разрешением в отдел опеки. В таком случае отказать выделить доли детям в квартире с большим метражом, даже если не она указана в обязательстве, вам не должны.