Здравствуйте, Азат!
Согласно ГК РФ
1. Заказчик обязан в сроки и в порядке, которые предусмотрены договором подряда, с участием подрядчика осмотреть и принять выполненную работу (ее результат), а при обнаружении отступлений от договора, ухудшающих результат работы, или иных недостатков в работе немедленно заявить об этом подрядчику.
2. Заказчик, обнаруживший недостатки в работе при ее приемке, вправе ссылаться на них в случаях, если в акте либо в ином документе, удостоверяющем приемку, были оговорены эти недостатки либо возможность последующего предъявления требования об их устранении.
3. Если иное не предусмотрено договором подряда, заказчик, принявший работу без проверки, лишается права ссылаться на недостатки работы, которые могли быть установлены при обычном способе ее приемки (явные недостатки).
4. Заказчик, обнаруживший после приемки работы отступления в ней от договора подряда или иные недостатки, которые не могли быть установлены при обычном способе приемки (скрытые недостатки), в том числе такие, которые были умышленно скрыты подрядчиком, обязан известить об этом подрядчика в разумный срок по их обнаружении.
Если у Вас в договоре не предусмотрены принятие поэтапно выполненных работ, то предложите Заказчику подписывать промежуточные акты выполненных работ.