Здравствуйте, Никита.
Для ответа на Ваш вопрос важен момент, когда Вы были приняты на учет нуждающихся в служебном жилье. С этого момента и должны заплатить.
Постановление Правительства РФ от 31.12.2004 N 909
ПОЛОЖЕНИЕ
О ВЫПЛАТЕ ДЕНЕЖНОЙ КОМПЕНСАЦИИ ЗА НАЕМ (ПОДНАЕМ)
ЖИЛЫХ ПОМЕЩЕНИЙ ВОЕННОСЛУЖАЩИМ — ГРАЖДАНАМ РОССИЙСКОЙ
ФЕДЕРАЦИИ, ПРОХОДЯЩИМ ВОЕННУЮ СЛУЖБУ ПО КОНТРАКТУ,
И ЧЛЕНАМ ИХ СЕМЕЙ
2. В случае невозможности обеспечения жилыми помещениями в соответствии с законодательством Российской Федерации по желанию военнослужащих и членов семей военнослужащих, погибших (умерших) в период прохождения военной службы, им ежемесячно выплачивается денежная компенсация за счет средств, выделяемых из федерального бюджета на эти цели Министерству обороны Российской Федерации или иному федеральному органу исполнительной власти, в котором законом предусмотрена военная служба, в размере, предусмотренном договором найма (поднайма) жилья, заключенным в письменной форме, но не более установленных размеров.
Денежная компенсация выплачивается со дня заключения договора найма (поднайма) жилого помещения, но не ранее дня включения федеральным органом исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, военнослужащих в списки на предоставление жилых помещений специализированного жилищного фонда.
Подавайте официально все документы и требуйте заплатить за весь период, отказ обжалуйте в суде в трех месячный срок с момента предоставления решения либо выплаты в меньшей сумме.
С уважением! Г.А. Кураев