Противоречия нет. Для гос.служащих приоритетными являются нормы №79-фз «О государственной гражданской службе РФ».
В силу ст. 11 ТК РФ на государственных гражданских служащих действие указанных документов распространяется с учетом особенностей, предусмотренных федеральными законами и другими нормативными правовыми актами РФ, субъектов РФ о государственной гражданской службе. Нормативные правовые акты РФ и ее субъектов, содержащие нормы трудового права, применяются к связанным с гражданской службой отношениям в части, которая не регулируется Федеральным законом от 27.07.2004 N 79-ФЗ «О государственной гражданской службе Российской Федерации».