Добрый день, Андрей.
К сожалению, налоговая инспекция права: вы использовали автомобиль для предпринимательской деятельности (чему достаточно доказательств, в том числе сданные вами самим декларации по ЕНВД), поэтому при его продаже не вправе уменьшить доходы, полученные от его продажи, на имущественный налоговый вычет.
Тем не менее, у вас есть право как ИП уменьшить доходы, полученные от продажи ТС, используемого в предпринимательской деятельности, на профессиональный налоговый вычет (статья 221 Налогового кодекса РФ).
Этот вычет позволяет уменьшить такие доходы на сумму «фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов».
То есть если у вас есть платежные документы, по которым вы купили это ТС, и них указана сумма покупки (это может быть, например расписка от продавца, что вы передали ему определенную сумму в счет оплаты ТС), то вы вполне законно можете уменьшить ваш доход от продажи на сумму покупки. Если у вас случайно найдется такая расписка от продавца (или иной документ, подтверждающий уплату вами денег), то вам нужно подать уточненную налоговую декларацию 3-НДФЛ и в ней отразить профессиональный налоговый вычет, и приложить к ней подтверждающие документы.
Если же подтверждающих документов у вас не найдется, то тогда вы все равно вправе уменьшить ваши доходы от продажи транспортного средства на 20%. Это следует из той же статьи 221 НК РФ:
Если налогоплательщики не в состоянии документально подтвердить свои расходы, связанные с деятельностью в качестве индивидуальных предпринимателей, профессиональный налоговый вычет производится в размере 20 процентов общей суммы доходов, полученной индивидуальным предпринимателем от предпринимательской деятельности.
С уважением, Роман.
Я на системе ЕНВД. Я приобретал автомобиль и сдавал в аренду организациям.
Обратите внимание на следующее разъяснение: