Здравствуйте Евгений, если строительство осуществлялось при помощи Арендатора, необходимо заключить (если не был заключен ранее то задним числом) договор строительного подряда и указать цену договора соразмерную 50% стоимости объекта.
Статья 740 Гражданского кодекса РФ:
1. По договору строительного подряда подрядчик обязуется в установленный договором срок построить по заданию заказчика определенный объект либо выполнить иные строительные работы, а заказчик обязуется создать подрядчику необходимые условия для выполнения работ, принять их результат и уплатить обусловленную цену.
Статья 746 Гражданского кодекса РФ:
Оплата выполненных подрядчиком работ производится заказчиком в размере, предусмотренном сметой, в сроки и в порядке, которые установлены законом или договором строительного подряда.
Данный договор будет касаться непосредственно выполненных Арендатором работ, позволит возместить 50% от стоимости объекта в виде указания ее в качестве цены договора и при этом никаким образом не будет связан с земельным участком.
Надеюсь, что смог Вам помочь в решении вопроса. Желаю успеха!