Здравствуйте.
Вы ничего не сообщили о наличии брачного договора, поэтому я буду исходить из того, что такой договор отсутствует.
1). Квартира является общим имуществом супругов (в силу закона). Соответственно, доли супругов в этой квартире предполагаются равными.
2). Если у жены есть доказательства того, что первоначальный взнос она оплачивала из своих личных денежных средств, принадлежавших ей до брака, то имеет смысл в судебном порядке предъявить не просто требование о разделе спорной квартиры, а попросить признать за собой право на бОльшую долю. Какую именно — нужно высчитывать.
3). Долг по кредиту является общим долгом супругов. Одновременно с иском о разделе имущества можно предъявить требование о признании долга общим долгом супругов, определении долей супругов в этом долге и взыскании с бывшего мужа половины тех платежей, которые жена произвела самостоятельно после расторжения брака.
4). Срок исковой давности для предъявления требований о разделе имущества действительно составляет три года. Однако течение срока начинается не с момента расторжения брака, а с того момента, когда заинтересованному в иске супругу стало известно о нарушении своего права.