Вы сначала разберитесь в правомерности такого действия с юридической точки зрения и вообще надо видет документы по оформлению операций ваших. Без этого точного ответа не будет.
1. Директор дает займ организации, как физическое лицо (если это именно займ, а не иной взнос, что предусмотрено Законом об ООО) он в доходах организации не отражается. Возврат займа не отражается в расходах.
2. Что вы имели ввиду, когда пишите директор решил отказаться от заемных средств???? Решил не требовать по истечении срока договора? Простил долг?
Так вот при прощении долга сумма денежных средств становится доходом организации и включается в налоговую базу. Налоги надо уплатить. Если, конечно, не считать это инвестиционным взносом в смыле передаваемом соотв. статьями НК РФ. Главное правильно оформить.
3. Как вы хотите с помощью этих денег, полученных безвозмездно, что-то перекрыть. Остается загадкой и известно видать директору.
Посему только документы прольют свет на истину и пути решения вопроса. Их нет. Рекомендую обратиться к юристам в регионе для консультаций.