Здравствуйте, Татьяна.
Сразу хочу сказать, что счет и счет-фактура — это два совершенно разных документа. Счет — это документ-требование, суть его — указать сколько нужно заплатить за такое-то количество единиц такого-то товара. Счет-фактура — это документ, который является подтверждением принятия вашим покупателем имущества и прав. Кроме того, счет-фактура является еще и подтверждением суммы, уплаченной за товар, и, соответственно, суммы налога (НДС). На основании выданного счета-фактуры подтверждается сумма полученного налога, а на основании полученного — сумма уплаченного. Таким образом, выданные и полученные счета-фактуры образуют собой сумму НДС к уплате и к возмещению.
Поскольку вы являетесь плательщиком налога по УСН, то обязанности вести учет НДС у вас нет. Так же, у вас нет обязанности выставлять счета-фактуры. Если в казначействе этого не знают, купите Налоговый кодекс, отчеркните там часть 3 ст. 346.11, которая говорит, что применение УСН индивидуальными предпринимателями освобождает их от уплаты и учета НДС.
Кроме того, я вам хочу вот что еще сказать. С прошлого года вместо накладной И счета-фактуры можно использовать Единый передаточный документ, включающий данные обоих документов. В письме ФНС России от 21 октября 2013 г. № ММВ-20-3/96@ «Об отсутствии налоговых рисков при применении налогоплательщиками первичного документа, составленного на основе формы счета-фактуры» вы можете найти все сведения, которые вас заинтересуют. Тогда вы, возможно, и победите казначейство.