Уважаемая Анастасия. Из Вашего вопроса ситуация совершенно не понятна. Что означает фраза: «на работе есть оплата проезда»? Что значит есть? какого проезда? где она есть?
Также не понятно, что значит: «летали за границу до Кипра»? Зачем Вы летали туда? В качестве кого? Кто Вас отправил?
Что значит: «оплата идет до границы одной точки»?
Почему Вы прилетели в один город, а улетели из другого?
Поэтому отвечать на Ваш вопрос можно только предположив, что Вас направили в служебную командировку на Кипр и не оплатили стоимость перелета.
При таких исходных данных можно проконсультировать, что согласно ч. 1 ст. 168 Трудового кодекса РФ работодатель обязан возмещать работнику расходы по проезду. В Вашем случае в расходы по проезду включается в том числе и стоимость перелета на Кипр и обратно вне зависимости от того, в какой город Вы прилетели и из какого города вернулись обратно.