Добрый день!
Если между Вами и организацией заключен договор гражданско-правового характера — Вы не можете взять отпуск, так как отпуска регулируются трудовым законодательством, а Ваш договор — гражданским. В случае прекращения оказания услуг по договору в одностороннем порядке, с Вас могут взыскать неустойку и убытки. Но. Если Вы подчиняетесь трудовому распорядку дня, установленному на предприятии, можно попробовать признать договор трудовым и после такого признания уволиться по собственному желанию, получив при этом компенсацию за неиспользованные отпуска. Второй вариант — написать заявление в двух экземплярах с требованием заключить с Вами трудовой договор, так как формально Вы выполняете трудовые функции, а заключение с Вами договора ГПХ является нарушением трудового законодательства. Один экземпляр передать работодателю и попросить поставить отметку о приеме на втором. В случае отказа — можно обращаться в Государственную инспекцию труда и прокуратуру с заявлением о проведении проверки. Обеспечьте себя доказательствами — если есть. сделайте копию пропуска, служебного удостоверения других документов, подтверждающих подчинение трудовому распорядку. Если договор ГПХ заключается с Вами неоднократно — тоже будет косвенно указывать на подмену отношений со стороны работодателя.
Думаю, что когда Вы напишите свое заявление на заключение с Вами трудового договора — они не будут сопротивляться и расторгнут с Вами договор ГПХ.