Как развестись с гражданином Египта, находясь за границей?

В целом ваша правовая логика верная, но есть несколько существенных процессуальных рисков. Самые спорные вопросы — подача сканированной копии иска через электронное заказное письмо и подтверждение брака без оригинала свидетельства.

1. Подсудность
Расторжение брака при отсутствии спора о детях относится к компетенции мирового судьи (п. 2 ч. 1 ст. 23 ГПК РФ).

По общему правилу иск подаётся по месту жительства ответчика (ст. 28 ГПК РФ). Если его место жительства неизвестно либо он не имеет места жительства в РФ, применяется ч. 1 ст. 29 ГПК РФ — по последнему известному месту жительства в России либо по месту нахождения его имущества.

В вашем случае я бы ссылалась прежде всего на ч. 1 ст. 29 ГПК РФ, поскольку муж фактически выехал в Египет. При этом регистрация по адресу в Петербурге сама по себе не доказывает, что он там проживает.

В иске необходимо указать:

последний известный адрес проживания мужа в Петербурге;
адрес миграционного учёта;
дату выезда в Египет;
отсутствие сведений о новом месте жительства в России.
Миграционный учёт и последний известный адрес лучше указать как дополнительные подтверждения связи ответчика с этим судебным участком.

1. Подсудность. Иск подаю мировому судье по адресу миграционного учёта мужа, он же мой адрес регистрации и место, где мы жили в браке. — Да.

Что правильнее поставить основным основанием — ст. 28 ГПК или ч. 1 ст. 29 ГПК (последнее известное место жительства)? — Ничего не надо ставить.

Фактически муж там не живёт, и в иске я об этом пишу прямо. — Ну и зря.

2. Подача через электронное заказное письмо. Суд получит распечатку скана с изображением подписи. Есть ли у кого-то опыт с мировыми судьями Петербурга: принимают такие иски или возвращают как неподписанные? — Принимают.

Имеет ли смысл следом досылать бумажный оригинал обычной почтой? — Да имеет.

3. Подлинник свидетельства о браке. Достаточно ли копии повторного свидетельства плюс ходатайства об истребовании сведений из ЗАГС по ст. 57 ГПК, или мировые судьи требуют именно оригинал при подаче? — Оригинал.

4. Срок на примирение. Сработает ли нотариальное согласие по форме № 10 как взаимное согласие для целей ст. 23 СК, чтобы срок на примирение не назначали? Или судья всё равно даст его, раз ответчик в заседание не явится? — Да, может сработать.

5. Извещение ответчика. Как добиться, чтобы суд извещал по российскому адресу миграционного учёта, а не направлял судебное поручение в Египет через Минюст? Стоит ли прямо просить об этом в просительной части? — Суд будет извещать по адресу указанному в исковом заявлении.

6. Доказательство направления копии иска ответчику. Электронное заказное письмо не формирует опись вложения. Достаточно ли квитанции с трек-номером плюс скриншота отправки тех же файлов на электронную почту ответчика?  -Желательно что бы была опись.