Здравствуйте, Антон!
Нет, сам по себе наём квартиры у отца и получение компенсации за поднаём не являются основаниями для отказа в жилищной субсидии.
Согласно ст. 15 Федерального закона № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих», право на субсидию зависит от признания военнослужащего и членов его семьи нуждающимися в жилом помещении.
Более того, Верховный Суд РФ в определении от 10.03.2022 № 224-КГ22-2-К10 подтвердил допустимость получения компенсации за наём жилья у родственника при соблюдении установленных условий.
В Вашем случае важно, что родители проживают и зарегистрированы в другом регионе, а Вы с семьёй зарегистрированы при воинской части.
Риск возникает, если договор найма фиктивный, отсутствует фактическая оплата либо выявлены иные обстоятельства, свидетельствующие об обеспеченности жильём.
Если договор действительный, квартира действительно арендуется и оплачивается, оснований для отказа в субсидии только из-за родства с собственником нет.
Такой отказ можно оспорить.
И да, поддержу коллегу, что могут оспорить договор найма с отцом, признать его фиктивным.
У посторонних лиц нет возможности снять жилье?