Николай, здравствуйте!
Приватизация считается не по регистрации, а по тем, у кого есть право пользования квартирой по договору социального найма. По ст. 2 Закона РФ «О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации» квартира передаётся в собственность с согласия всех совершеннолетних членов семьи нанимателя, имеющих такое право (и несовершеннолетних от 14 до 18 лет). Поэтому пока двое других человек числятся в договоре соцнайма, их участие или согласие, скорее всего, потребуют — даже если они не прописаны.
Важно различать две ситуации. Временное отсутствие (служба, учёба, работа в другом городе) прав по договору не меняет (ст. 71 ЖК РФ). А если человек добровольно выехал на другое постоянное место жительства, договор с ним считается расторгнутым со дня выезда (ч. 3 ст. 83 ЖК РФ, п. 32 постановления Пленума ВС РФ от 02.07.2009 № 14).
На практике варианты такие:
1) Эти двое оформляют у нотариуса согласие на приватизацию без их участия (отказ от участия) — тогда квартиру можно приватизировать на двоих.
2) Если они не согласны или их не найти — иск о признании их утратившими право пользования квартирой по ч. 3 ст. 83 ЖК РФ. Суд будет выяснять, добровольно ли и насовсем ли они уехали, не чинили ли им препятствий в проживании, платят ли они за жильё и коммунальные услуги. После такого решения приватизация идёт на двоих.
3) Если же они хотят участвовать и право пользования не утратили — собственников будет четверо.
Советую сначала уточнить в ДГИ г. Москвы (через МФЦ), кто сейчас числится в договоре соцнайма и какие документы потребуют для приватизации в вашем случае.