Светлана, здравствуйте. Если в договоре и накладной указан Санкт-Петербург, доставка только до Москвы сама по себе не означает исполнения заказа. Закрытие филиала не даёт компании автоматического права переложить на Вас доплату за оставшийся путь. Но условия договора нужно проверить: компания могла выступать перевозчиком или экспедитором, и объём её обязанностей должен быть установлен по документам.
Не подписывайте заявление так, будто Вы сами решили изменить город назначения, если это не соответствует действительности. Оно может стать доказательством согласованного изменения заказа. Сначала письменно сообщите, что переадресовку по своей инициативе не заказывали и требуете исполнить первоначальные условия.
Направьте компании претензию с копиями заявки, накладной и переписки. Попросите организовать доставку до Санкт-Петербурга по согласованной цене и письменно указать срок. Отдельно потребуйте расчёт предъявляемой платы и объяснение, кто оплачивает дальнейшую перевозку. По статье 785 ГК РФ перевозчик обязан доставить груз в согласованный пункт назначения.
Если договор предусматривает оплату при получении в Санкт-Петербурге, сошлитесь на это условие. Однако не стоит считать, что вся фактически выполненная перевозка автоматически стала бесплатной: окончательный расчёт зависит от исполнения договора и выбранного способа урегулирования.
Если груз нужно срочно забрать в Москве и отправить другой компанией, заранее письменно предложите первоначальному исполнителю согласовать передачу груза и оплату оставшегося пути. В документах зафиксируйте, что получаете груз в Москве из-за недоставки, сохраняете претензии и не подтверждаете исполнение маршрута до Санкт-Петербурга. Сохраните предложения по тарифам, новый договор и чеки. Необходимые и разумные дополнительные расходы можно заявлять как убытки по статье 393 ГК РФ, но их размер и связь с нарушением нужно доказать; двойного возмещения быть не должно.
Если хотите, можем продолжить общение здесь — помогу проверить условия оплаты и подготовить претензию о доставке груза.