Здравствуйте! Посмотрел документы. Поступление 225 994 рублей подтверждено. Но я бы попросил поправить акт: он датирован 9 октября, хотя в нём указано, что услуги выполнены за весь октябрь; в приложенной копии также не видно подписей. Если работы ещё не были завершены, укажите фактический период.
Ещё один момент: в договоре и счёте заказчик — компания из ОАЭ, а в акте и платёжном документе фигурируют гонконгский адрес и реквизиты Банка 131. Похоже на платёжного посредника, предусмотренного допсоглашением, но попросите подтверждение, что он перечислил деньги за компанию-заказчика. В акте лучше отдельно указать заказчика и посредника.
Для налоговой обычно не нужно отдельно отправлять этот комплект. Сохраните договор, допсоглашение, заказ, счёт, акт, выписку о зачислении и подтверждение от платёжной платформы. Если у Вас УСН, доход учитывается на дату поступления денег — 9 октября.
Фраза в счёте про reverse charge относится к НДС в ОАЭ и сама по себе не объясняет российский НДС. Для разработки программ место реализации может определяться по стране заказчика, но здесь также указаны дизайн и тестирование сайта — точный вывод зависит от задания и фактически выполненных работ.
И ещё: проверьте, оформлено ли отдельное соглашение о передаче прав на результат работы — основной договор на него ссылается. Порог постановки экспортного контракта на учёт в банке — 10 млн рублей по сумме обязательств; текущий платёж ниже, но учитывается договор в целом.