Трудовые споры в суде

30 ноября 2013г. был уволен работник ( с нарушениями по мнению ТРУДОВОЙ ИНСПЕКЦИИ), а именно:

1. В нарушении ч.5 ст 84.1 ТК РФ основание прекращения трудового договора не содержит ссылку на соответствующую часть статьи ТК РФ;

2. В нарушении абз. 7 ч.2 ст.22 ТК РФ, ч.1 ст.140 ТК РФ при прекращении трудового договора работника с работодателем не произведена выплата всех сумм, причитающихся работнику в день увольнения.

3. В нарушении ст. 236 ТК РФ денежная компенсация за задержку выплаты сумм, причитающихся при увольнении в размере не ниже 1/300 ставки рефинансирования Центрального банка РФ за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно.

Да, своевременно выплаты произведены небыли ( т.к. маленькая бюджетная организация ) задержка получилась в 21 день. Но в декабре 2013г. все причитающиеся выплаты были произведены.

Проверка трудовой инспекции происходила 20 июня 2014 года (намного позже событий ), в ходе которой был выявлен данный факт. Был составлен АКТ; ПРОТОКОЛ; вынесено постановление о привлечении нашей организации по ч.1 ст.5.27 КоАП РФ с назначением наказания в виде штрафа в размере 40000руб. Организацией в суд была подана жалоба по данному вопросу, так как на момент проверки все нарушения по данному факту были исправлены.

ВОПРОС: Есть ли шанс у организации выиграть судебное заседание и не платить штраф в 40000руб. так как сумма для нас значительная. И если да, то подскажите пожалуйста чем и как апеллировать на суде. Документы о произведенных выплатах в декабре 2013г. имеются.