Здравствуйте Анастасия.
В Вашей ситуации принципиально важно различать наличие второй формы допуска и официально установленное временное ограничение права на выезд из Российской Федерации.
Сама по себе вторая форма допуска ещё не означает, что любой человек автоматически лишён возможности выезжать за границу. Имеет значение, было ли принято в отношении Вас официальное решение об ограничении выезда в связи с фактической осведомлённостью в совершенно секретных сведениях, на какой срок оно установлено и когда Вы в последний раз знакомились с такими сведениями.
Поскольку Вам уже отказали в выдаче загранпаспорта именно со ссылкой на допуск и ограничение права на выезд, до проверки документов следует исходить из того, что ограничение у Вас действительно действует.
При этом формулировка, которую Вам озвучивали при трудоустройстве — «ограничение на въезд в ряд недружественных стран» — юридически существенно отличается от ограничения права на выезд из России. Если принято официальное решение об ограничении выезда, оно распространяется на выезд из Российской Федерации вообще, а не только на поездки в определённые страны.
В Беларусь и Казахстан гражданин России действительно может въезжать по внутреннему российскому паспорту. Однако возможность использовать внутренний паспорт вместо заграничного не отменяет действующее ограничение на выезд. Поэтому ехать туда без предварительного выяснения статуса ограничения я не рекомендую.
При поездке в Казахстан ограничение может быть выявлено непосредственно при прохождении российского пограничного контроля — в аэропорту либо в сухопутном пункте пропуска. В поездках в Беларусь действует особый порядок пересечения российско-белорусской границы, однако это не означает, что Беларусь можно законно использовать для обхода российского ограничения на выезд. Само отсутствие обычного пограничного контроля на конкретном маршруте не прекращает установленный запрет.
Пытаться выехать через Беларусь в расчёте на отсутствие проверки также не следует. В зависимости от конкретного способа пересечения границы и обстоятельств попытка обойти установленное ограничение может иметь значительно более серьёзные последствия, чем простой отказ в выезде.
После увольнения ограничение также не прекращается автоматически. По общему правилу оно может действовать до пяти лет со дня последнего ознакомления с совершенно секретными либо сведениями особой важности, а в предусмотренных случаях срок может быть продлён.
Сейчас я рекомендую запросить и проверить именно документы: письменный отказ в выдаче загранпаспорта, уведомление или решение об ограничении права на выезд, дату его принятия, срок ограничения, кем оно принято и дату Вашего последнего ознакомления с секретными сведениями.
Если официальное ограничение установлено, его можно обжаловать в установленном порядке, в том числе ставить вопрос о законности срока и основания ограничения. То обстоятельство, что бывший руководитель отказался согласовывать выезд из-за личного конфликта, само по себе не является достаточным юридическим основанием для произвольного ограничения конституционного права на выезд.
Если пришлёте фотографию письменного отказа в выдаче загранпаспорта и документа, который Вы подписывали при оформлении второй формы допуска, можно будет определить, действительно ли запрет действует сейчас, до какой даты и есть ли основания его обжаловать.
