Нет, вернуть эти деньги через 3-НДФЛ не получится, поскольку тут смешаны два совершенно разных механизма.
Судя по вашему описанию вы открыли ИП, деятельность не вели, счета не открывали, а через два года начала копиться «задолженность» и это почти наверняка не сам налог с дохода (доходов-то не было вообще), а фиксированные страховые взносы ИП «за себя» на обязательное пенсионное и медицинское страхование. Ключевая особенность этих взносов то, что они начисляются автоматически каждому зарегистрированному предпринимателю независимо от того, ведется ли реальная деятельность и есть ли доход. Единственный способ их не платить, это официально закрыть ИП (снятие с учета), а до этого момента они продолжают начисляться, плюс пени за просрочку, что объясняет и рост суммы с 48 000 до 127 000.
Теперь по существу вашего вопроса. Налоговый вычет по форме 3-НДФЛ (имущественный, социальный, стандартный, статьи 218-220 НК РФ) это механизм, уменьшающий налоговую базу именно по налогу на доходы физических лиц, то есть по тому налогу, который платится с вашей зарплаты или иного личного дохода, облагаемого по ставке 13%. Уплаченные страховые взносы ИП в этот перечень оснований для вычета не входят вообще, их нельзя «вернуть» через 3-НДФЛ ни при каких обстоятельствах, это просто разные, не связанные друг с другом институты налогового права.
Так что, заплатив полностью 127 000 рублей задолженности (включающей, судя по всему, и сами взносы, и пени), вы эти деньги обратно не получите ни через 3-НДФЛ, ни через какой-либо другой налоговый механизм, они уходят в бюджет как обязательные страховые платежи, начисленные за сам факт статуса ИП, а не как переплата чего-либо.
Чтобы прекратить дальнейшее накопление долга, если вы действительно не планируете вести предпринимательскую деятельность, закройте ИП как можно быстрее через личный кабинет налогоплательщика или портал Госуслуг, это можно сделать даже при наличии задолженности (сама задолженность при закрытии никуда не денется, ее все равно придется погасить, но хотя бы прекратится начисление новых взносов за будущие периоды).