Здравствуйте, Алексей!
Отсутствие прописки или регистрации в паспорте само по себе не лишает Вас права оформить выплаты в связи с гибелью сына.
По действующему порядку члены семьи погибшего военнослужащего обращаются в военный комиссариат по месту жительства или месту пребывания. Именно такая формулировка используется, в частности, при оформлении единовременного пособия членам семьи погибшего.
Поэтому, если Вы фактически находитесь в Москве, можно попробовать обратиться в военкомат по месту Вашего фактического пребывания. Но отсутствие какой-либо регистрации может вызвать организационные вопросы, поскольку военкомату нужно определить, какой именно комиссариат должен вести оформление документов.
Рекомендую:
Обратиться в ближайший военкомат Москвы с паспортом, свидетельством о смерти сына и его свидетельством о рождении.
В заявлении указать фактический адрес проживания в Москве, даже если регистрации по нему нет.
Сообщить, из какого военкомата Московской области сын был направлен на службу и номер воинской части, если он известен.
Если московский военкомат откажется принимать документы, потребовать письменный отказ с указанием, в какой конкретно военкомат необходимо обратиться.
Для выплаты по Указу Президента РФ № 98, если семья проживает не по месту дислокации воинской части, документы из части направляются в военный комиссариат субъекта РФ по месту жительства членов семьи для содействия в оформлении выплаты.
То есть отсутствие штампа о регистрации не должно само по себе препятствовать получению положенных Вам выплат, но на практике желательно определить военкомат, который примет Вас по фактическому месту пребывания.
Если мой ответ помог Вам, буду благодарен за положительный отзыв.