Здравствуйте.
В вашей ситуации я бы не подавал автоматически два отдельных заявления только из-за того, что дети зарегистрированы в разных органах ЗАГС.
Заявление об установлении факта, имеющего юридическое значение, подаётся в суд по месту жительства заявителя. Поэтому само по себе то, что одна запись о рождении находится в Иркутской области, а другая в Новосибирской области, не требует обращаться в суды этих регионов.
Вместе с тем я бы не стал безоговорочно утверждать, что суд обязательно рассмотрит оба требования в одном деле. Здесь речь идёт об особом производстве, а не об обычном иске. ГПК РФ прямо предусматривает установление факта признания отцовства в порядке особого производства, а Верховный Суд допускает такой порядок после смерти лица, признававшего себя отцом, если отсутствует спор о праве.
Поэтому в вашем случае можно попробовать указать в одном заявлении оба факта, подробно описав общие обстоятельства: совместное проживание, признание мужчиной обеих дочерей своими детьми, ведение общего хозяйства и другие доказательства.
При этом оба отдела ЗАГС следует указать с привязкой к соответствующим актовым записям о рождении детей.
Если суд посчитает, что требования необходимо рассматривать раздельно, это не означает, что вам придётся обращаться в Иркутскую и Новосибирскую области. Вопрос подсудности по заявлениям об установлении юридических фактов определяется по месту жительства заявителя.
И ещё один важный момент. Если установление отцовства необходимо, в частности, для получения детьми наследства или иных имущественных прав после смерти отца, нужно убедиться, что между заинтересованными лицами нет спора о праве. При возникновении такого спора дело в порядке особого производства рассматриваться не должно, и суд разъясняет возможность разрешения спора в исковом порядке.
Таким образом, я бы начал с одного заявления на обеих дочерей, но сформулировал его именно как заявление в порядке особого производства и отдельно обосновал юридическую цель установления каждого из двух фактов.
Заранее благодарю Вас за оценку моего ответа.