Как предоставить пояснения в налоговую руководителю НКО, получающему доход как самозанятый?

Налоговая служба расценивает эту ситуацию как нарушение, поскольку по закону вы не имеете права оказывать услуги своей же организации в качестве самозанятого.

В соответствии с пп. 1 п. 2 ст. 6 Федерального закона № 422-ФЗ, доходы от оказания услуг (выполнения работ) по гражданско-правовым договорам не признаются объектом налогообложения НПД, если заказчиком выступает действующий работодатель данного физического лица.
Даже если у вас нет стандартного трудового договора и вы не получаете зарплату, с точки зрения Минфина и ФНС руководитель НКО находится с ней в трудовых отношениях в силу самого факта своего назначения (выборная должность, выполнение трудовой функции директора). Соответственно, организация признается вашим работодателем, а значит, получать выплаты от этого же НКО через самозанятость (включая грантовые проекты) незаконно. Налоговая видит чеки, где заказчиком выступает ваше НКО, а исполнителем — его же руководитель, и расценивает это как подмену трудовых отношений.

Здравствуйте Екатерина, вообще требование — уведомление налоговой нужно видеть, что бы предметно помочь, но в целом можно сказать следующее.  

В соответствии с пунктом 3 статьи 88 Налогового кодекса РФ в ходе камеральной проверки при обнаружении ошибок или противоречий налоговый орган вправе потребовать представления пояснений в течение пяти рабочих дней, а согласно пункту 3 статьи 93 НК РФ при истребовании документов срок составляет уже десять рабочих дней. При этом пункт 7 статьи 88 НК РФ ограничивает право налогового органа на истребование дополнительных документов, однако на практике инспекции часто ссылаются на статьи 93 и 93.1 НК РФ, поэтому границы законности таких запросов определяются в каждом конкретном случае с учётом судебной практики.

Основной риск в вашей ситуации заключается в возможной переквалификации гражданско-правовых отношений между руководителем НКО и самой организацией либо иными заказчиками в трудовые. Письмо ФНС России от 15 апреля 2022 г. № ЕА‑4‑15/4674@ содержит перечень признаков, указывающих на фактическое наличие трудовых отношений: личное выполнение трудовой функции, подчинение правилам внутреннего распорядка, контроль со стороны заказчика, обеспечение условий труда, регулярная фиксированная оплата, длительный и системный характер сотрудничества. При переквалификации НКО грозит доначисление НДФЛ по ставке 13–15% и страховых взносов порядка 30%, а также пени и штрафы.  Дополнительно необходимо проверить правильность квалификации грантовых средств: безвозмездное целевое финансирование не облагается НПД, тогда как оплата услуг, выполненных в рамках гранта, подлежит налогообложению с обязательным формированием чека в приложении «Мой налог», также следует убедиться, что годовой доход не превысил лимит 2,4 млн рублей.

Для юридического анализа нужно сделать оценку пакета документов, охватывающий все аспекты деятельности. В части руководства НКО необходимы устав организации. Относительно заказчиков и грантодателей нужны договоры гражданско-правового характера с актами выполненных работ, технические задания, переписка сторон, а также документы по грантам – договоры грантодателя, сметы, отчёты, позволяющие разграничить целевое финансирование и оплату услуг. Для опровержения признаков трудовых отношений пригодятся штатное расписание НКО, правила внутреннего трудового распорядка (чтобы показать, что исполнитель им не подчиняется), а также сведения о других заказчиках, демонстрирующие множественность источников дохода. Наконец, важно приложить само требование налогового органа с точными формулировками, периодами и суммами, чтобы можно было оценить конкретные претензии и выработать стратегию защиты, включая возможное признание нарушений и подачу уточнённых деклараций при необходимости.