В августе 2022 года был заключен ДДУ с застройщиком, в июне 2025 года был подписан Акт приема-передачи квартиры, и

Сначала про требование. Ключевой момент: дополнительное соглашение (где зафиксировали увеличение площади и сумму доплаты) вы подписали в июне 2025 года. По закону и по условиям самого ДДУ изменение цены из-за отклонения площади возможно, только если это прямо предусмотрено договором. Если в ДДУ не было пункта, обязывающего вас доплачивать при увеличении метража, то требование застройщика незаконно. Если пункт был — нужно проверить, не выходит ли требуемая доплата за законодательные лимиты (по 214-ФЗ застройщик вправе требовать доплату только в пределах 5% от проектной площади; всё, что свыше, оспаривается). 
Важное следствие для продажи. То, что вы не внесли доплату сразу после подписания допсоглашения, не аннулирует сделку. Вы как продавец выполнили свои обязательства по ДДУ в полном объёме на момент его подписания. Застройщик не может после факта требовать оплаты задним числом — ни вы, ни покупатель не были в курсе «внезапных метров» на момент сделки. Покупатель приобретает квартиру с той площадью, которая зафиксирована в ЕГРН (после обмера БТИ), и застройщик не вправе в одностороннем порядке менять условия. 
Что делать сейчас?
Запросите у застройщика письменное обоснование. Попросите акт обмера БТИ, копию ДДУ и допсоглашения — чтобы сверить фактические цифры с теми, что были при продаже.
Если застройщик настаивает — имеет смысл проконсультироваться с юристом, который специализируется на долевом строительстве. Он поможет оценить шансы: есть ли в договоре лазейки, не пропущен ли срок исковой давности (хотя в таких спорах суды часто встают на сторону дольщика при длительных просрочках). 
Если вы считаете требование необоснованным — спокойно сообщите об этом застройщику. 
Про налоговые последствия для продажи. Здесь хорошая новость: сама по себе эта «задняя» доплата не обнуляет минимальный срок владения квартирой для целей НДФЛ. Срок считается с даты полной оплаты по ДДУ, а не с момента доплаты. То есть даже если вы в итоге заплатите, на налог с продажи это не повлияет. 

Здравствуйте!

Цена договора участия в долевом строительстве может быть изменена после его заключения, если договором предусмотрены возможности изменения цены, случаи и условия ее изменения. Если в вашем ДДУ было закреплено условие о перерасчете цены при изменении фактической площади объекта по результатам обмеров, требование застройщика о доплате является законным (ч. 2 ст. 5 Федерального закона N 214-ФЗ)

Тот факт, что вы продали квартиру, не освобождает вас от исполнения обязательств, возникших из договора, который вы заключали с застройщиком. Обязательство по оплате разницы в площади возникло у вас как у участника долевого строительства в момент подписания дополнительного соглашения, то есть до момента продажи квартиры. Продажа объекта недвижимости по договору купли-продажи (ДКП) третьему лицу не означает автоматического перевода вашего долга перед застройщиком на нового собственника, если только вы не заключали специальное соглашение о переводе долга с участием застройщика.

Поскольку вы являлись стороной ДДУ и подписали дополнительное соглашение, вы приняли на себя обязательство по оплате увеличившейся площади. Смена собственника квартиры не прекращает ваше обязательство перед застройщиком, если оно не было исполнено. Застройщик вправе требовать исполнения этого обязательства в пределах срока исковой давности (общий срок составляет 3 года).

Рекомендую вам проверьте условия ДДУ и дополнительного соглашения.
Если вы не произведете доплату добровольно, застройщик имеет право обратиться в суд с иском о взыскании задолженности по договору. Судебная практика подтверждает, что участник долевого строительства обязан доплатить за увеличение площади, если это предусмотрено договором.

Если потребуется помощь с анализом ваших документов, можете обратиться к юристу.

С уважением, Калмыкова Светлана.