Добрый день. Форму Р34001 бывший директор может подать самостоятельно, если его полномочия уже прекращены, а сведения о нем по-прежнему находятся в ЕГРЮЛ. Через МФЦ ФНС такой способ подачи не указывает. Можно подать лично в регистрирующую налоговую, направить почтой либо электронно через сервис ФНС. Ехать в другой город поэтому необязательно.
ФНС разъясняет этот порядок здесь: https://www.nalog.gov.ru/rn27/news/activities_fts/13584017/.
Важно проверить дату прекращения полномочий директора. Одного факта отправки заявления 08.07 недостаточно. Для руководителя действует специальный срок предупреждения об увольнении, поэтому значение имеет дата получения заявления обществом и дата увольнения. Если полномочия уже прекращены, к Р34001 желательно приложить документы, подтверждающие увольнение и направление заявления.
Оставшиеся 49% просто передать обществу путем выхода сейчас нельзя, если после этого в ООО вообще не останется участников. Закон прямо запрещает выход, в результате которого в обществе не остается ни одного участника. Федеральный закон № 14-ФЗ «Об ООО».
Поэтому сначала нужно решить вопрос с 51% долей, которая уже принадлежит обществу, и только потом определять способ передачи оставшихся 49%. Долг по налогам 605 000 рублей при этом никуда не исчезает. Если пришлете устав в личный чат ООО и документы, по которым 51% перешли обществу, можно точно определить наиболее безопасный вариант выхода из компании.