Здравствуйте. По описанной Вами конструкции само отсутствие согласия второго сособственника, как правило, ведёт именно к оспоримости договора, а не к его автоматической ничтожности.
Ст. 246 ГК РФ прямо устанавливает, что распоряжение имуществом, находящимся в общей долевой собственности, осуществляется по соглашению всех участников. Аналогично по ст. 247 ГК РФ владение и пользование общим имуществом также осуществляются по соглашению всех сособственников. Поэтому собственник № 1 действительно не вправе был единолично передавать в пользование ООО № 2 весь объект, находящийся в долевой собственности 50/50, без согласия собственника № 2.
Но для квалификации недействительности здесь работает специальная ст. 173.1 ГК РФ: сделка, совершённая без согласия лица, необходимость которого предусмотрена законом, является оспоримой, если сам закон прямо не устанавливает её ничтожность либо иные последствия. При этом для признания её недействительной необходимо, как правило, доказать, что другая сторона сделки знала или должна была знать об отсутствии согласия.
В Вашей ситуации этот последний элемент выглядит особенно существенным: директор ООО № 1 и ООО № 2 — один и тот же человек, причём родной брат собственника № 1. Если ООО № 2 знало, что имущество принадлежит двум собственникам, ранее уже было передано ООО № 1 обоими сособственниками и подписи собственника № 2 на новом договоре нет, доказывать осведомлённость ООО № 2 об отсутствии согласия второго собственника значительно проще.
Что касается второго основания — первый договор аренды с ООО № 1 не прекращён. Само по себе существование действующего первого договора не превращает автоматически второй договор в ничтожный. Но это серьёзный дополнительный аргумент: один и тот же объект уже был передан во владение и пользование первому арендатору, отсутствуют соглашение о расторжении, возвратный акт либо судебный акт о прекращении договора. Поэтому нужно отдельно исследовать, мог ли собственник № 1 фактически и юридически передать ООО № 2 тот объём прав, который уже был предоставлен ООО № 1.
Ничтожность по п. 2 ст. 168 ГК РФ возможна, когда сделка не просто нарушает закон, а одновременно посягает на публичные интересы либо права и охраняемые законом интересы третьих лиц и при этом законом не установлена оспоримость. Но здесь как раз имеется специальная ст. 173.1 ГК РФ, прямо называющая сделку без необходимого согласия оспоримой. Поэтому только ссылкой на ст. 168 ГК РФ перевести такой договор в категорию ничтожных обычно не получится.
То есть вывод суда о том, что договор с ООО № 2 оспоримый, сам по себе с точки зрения квалификации по ст. 173.1 ГК РФ выглядит юридически объяснимым. Но это ещё не означает, что суд правильно разрешил весь спор. Отдельно нужно проверять, когда собственник № 2 узнал или должен был узнать о договоре, правильно ли суд исчислил годичный срок по ст. 181 ГК РФ, учитывал ли фактическое сокрытие сделки, а также дал ли оценку действующему договору с ООО № 1, отсутствию передачи имущества обратно собственникам и очевидной осведомлённости ООО № 2 об отсутствии согласия второго сособственника.
Если пришлёте решение первой инстанции и сам договор с ООО № 2, можно будет предметно посмотреть, есть ли основания атаковать именно вывод о пропуске срока и мотивировку суда, а не только спорить о названии сделки «ничтожная/оспоримая».