Здравствуйте. По описанию я бы не звонил в инспекцию и не давал объяснения по существу, пока не будет понятно, что именно налоговая выявила и за какой период. Сначала нужно получить документ, который они направляли по месту регистрации, либо запросить его копию через инспекцию/личный кабинет. Важно установить: проводится ли проверка, направлено ли требование о представлении пояснений, составлен ли акт либо пока это только информационный звонок.
Сам факт того, что Вы три года проживаете за пределами РФ и перестали быть налоговым резидентом, сам по себе не освобождал от НПД. Для дистанционной деятельности ФНС допускает определять место её ведения в том числе по месту нахождения заказчика. Поэтому если Вы оказывали преподавательские услуги российской онлайн-школе и оставались зарегистрированы как плательщик НПД, такие выплаты могли облагаться НПД, несмотря на Ваше проживание за рубежом. Позиция ФНС по дистанционной деятельности изложена в письме от 18.11.2019 № СД-4-3/23424@: место деятельности может определяться по выбору плательщика, в том числе по месту нахождения заказчика.
Наиболее существенная проблема здесь даже не обычная просрочка уплаты налога, а то, что Вы аннулировали чеки по реально полученным выплатам. Если деньги фактически были получены и не возвращались школе, оснований аннулировать такие чеки, как правило, не было. ФНС прямо указывает, что необоснованное аннулирование чека с целью исключить полученный доход из налоговой базы может повлечь восстановление дохода, доначисление НПД и ответственность по статье 129.13 НК РФ: при первом нарушении штраф составляет 20% суммы соответствующего расчёта, а при повторном нарушении в течение шести месяцев — 100%. Отдельно на неуплаченный налог начисляются пени.
Поэтому сейчас не рекомендую сообщать налоговой по телефону что-либо вроде «я специально удалял чеки, потому что считал, что налог платить не надо». Такое объяснение Вашу позицию не улучшит. Сначала нужно поднять историю операций в «Мой налог», банковские поступления и документы школы и определить по каждому месяцу: сколько фактически выплачено, какие чеки были сформированы, какие затем аннулированы и какой доход сейчас отражён в приложении. При работе с юридическим лицом ставка НПД составляет 6%.
Дальше уже имеет смысл связаться с инспекцией, но лучше письменно и после подготовки позиции. Если доход действительно был и ошибочно исключался из НПД, обычно рациональнее не отрицать очевидные банковские операции, а корректно восстановить налоговый учёт, определить сумму недоимки и одновременно разбираться с основаниями и размером возможного штрафа. Необходимо отдельно проверить периоды привлечения к ответственности и все обстоятельства, которые могут повлиять на размер санкций.
Есть ещё второй вопрос: налогообложение в стране, где Вы фактически проживаете. Российское налоговое резидентство определяется в том числе по нахождению в РФ не менее 183 дней в соответствующем периоде, однако Ваши обязательства в государстве проживания зависят уже от законодательства этой страны и применимого соглашения об избежании двойного налогообложения. Поэтому страну проживания тоже необходимо знать, прежде чем оценивать ситуацию полностью.
Если хотите разобраться именно до общения с налоговой, пришлите: какая это инспекция и регион, дату Вашего выезда из РФ, страну постоянного проживания, договор с онлайн-школой, примерный доход по годам и скриншоты из «Мой налог» с аннулированными операциями/начислениями. Если удастся получить присланный налоговой документ — его в первую очередь. Тогда уже можно определить реальный размер риска и подготовить объяснение в ИФНС так, чтобы лишнего самостоятельно не сообщать.