В связи с внедрением ЭДО в транспортно-лигистическую отрасль, требуется подготовить трудовой договор на

Вы правильно обратили внимание на связь ЭДО и договора, но есть важный нюанс: трудовой договор здесь не подходит. Вы оказываете транспортные и водительские услуги, поэтому нужен гражданско-правовой договор (например, договор возмездного оказания услуг или перевозки), а не трудовой.
Что важно учесть в договоре
Основная задача — юридически закрепить порядок электронного обмена документами, чтобы в суде или при проверках электронные подписи имели силу, а также предусмотреть «запасной вариант» на случай технических сбоев. 
Ключевые пункты, которые стоит включить:
Оговорка об ЭДО. Прямо укажите, что стороны договорились об обмене электронными перевозочными документами (ЭТрН, заказы-заявки, экспедиторские документы) через оператора ЭДО, включённого в реестр Минтранса РФ. 
Виды электронных подписей. Для организации-заказчика закрепите использование квалифицированной электронной подписи (КЭП). Для водителя (физического лица) допускается усиленная неквалифицированная электронная подпись (УНЭП), которую можно выпустить через «Госключ».
Машиночитаемые доверенности (МЧД). Если документы подписывает не сам ИП, а уполномоченный сотрудник, обязательно пропишите обязанность использовать сертификат физического лица в связке с МЧД. 
Момент документооборота. Чётко зафиксируйте, что считается моментом отправки и получения документа. Например: «Моментом получения документа считается время, когда оператор обеспечил доступ к документу и сформировал извещение о получении». 
Альтернативный порядок. Обязательно предусмотрите возможность перехода на бумажный документооборот при технических сбоях в ГИС ЭПД или на стороне оператора. Отсутствие такой альтернативы может быть расценено как злоупотребление правом.
Идентификация в системе. Для удобства и избежания путаницы рекомендую зафиксировать в договоре ИНН сторон и присвоенные оператором ЭДО коды (ID ЭДО) — это ускорит обмен и идентификацию в системе

Проверьте, какие именно документы из вашей работы с заказчиком подпадают под обязательный электронный формат с 1 сентября 2026 года (по закону № 140-ФЗ).

Добрый день. В вашем случае сначала нужно определиться с конструкцией договора. «Трудовой договор с ИП на оказание услуг» юридически некорректен. Если исполнитель действует именно как ИП и оказывает организации водительские и транспортные услуги на автомобиле заказчика, нужен гражданско-правовой договор. Если организация принимает человека на работу водителем с графиком, подчинением и трудовой функцией, тогда оформляется трудовой договор уже с физическим лицом.

Отдельно в договоре нужно прописать работу с электронными перевозочными документами. С 1 сентября 2026 года транспортные накладные и ряд других перевозочных документов переходят в обязательный электронный формат.  Одной фразы в договоре о «праве электронной подписи» недостаточно. Если ИП подписывает ЭПД от имени коммерческой организации, необходимо правильно оформить его полномочия и электронную подпись. Для представителя юридического лица при использовании КЭП применяется машиночитаемая доверенность.

Риск здесь в том, что неправильно оформленный гражданско-правовой договор при фактических трудовых отношениях может создать спор о его переквалификации. Поэтому в документе нужно четко разделить самостоятельное оказание услуг ИП, порядок предоставления транспорта заказчиком, ответственность за автомобиль и груз, оформление путевых и перевозочных документов, полномочия в ГИС ЭПД и пределы использования электронной подписи.

Для подготовки договора нужно уточнить два момента. ИП должен работать как самостоятельный исполнитель или фактически как постоянный водитель организации? И электронные транспортные документы он будет подписывать от своего имени как ИП либо от имени организации-заказчика? После этого можно подготовить договор под нужную схему, включая полноценный раздел по ЭДО и электронной подписи.