Можно ли выделить доли детям в другом жилье при наличии запрета на регистрационные действия?

Короткий ответ: нет, напрямую не получится. Если на жильё (даже то, где вы планируете выделить доли детям) наложен запрет на регистрационные действия, Росреестр просто не примет документы на регистрацию такого выделения. Суть запрета в том, что он блокирует любые сделки и изменения в правах на объект — а выделение доли как раз относится к таким действиям. 

Что тогда делать?
Нужно действовать в два этапа:

Снять или обойти запрет. Обратитесь в орган, который наложил запрет (чаще всего это служба судебных приставов, но может быть и суд). Подайте заявление с обоснованием: например, если выделение долей детям — это требование закона (как при использовании материнского капитала), приложите соответствующие документы. Иногда удаётся договориться о частичном снятии запрета именно для этой процедуры.
После снятия запрета — оформить само выделение долей (например, через нотариальное соглашение) и зарегистрировать изменения в Росреестре. 
Важное дополнение про опеку
Даже если запрет снят, одного желания недостаточно. Органы опеки и попечительства обязательно проверят, не ухудшаются ли имущественные права ребёнка. Например, если вы хотите выделить долю в квартире, которая по площади, стоимости или условиям проживания хуже той, где у ребёнка была доля раньше, опека может не дать разрешение. Задача опеки — убедиться, что в результате сделки положение ребёнка не станет хуже.

Поэтому я рекомендую начать с консультации у юриста, который специализируется на сделках с недвижимостью и вопросах опеки. Он поможет правильно выстроить стратегию: оценить, есть ли основания для обращения к приставам, и параллельно подготовить аргументы для опеки, чтобы доказать выгоду сделки для ребёнка.