Отдельная лицензия на "изготовление протезов" как таковая не нужна - зуботехническое производство изготовления зубных протезов и ортопедических конструкций считается частью медицинской деятельности по стоматологии ортопедической, а не отдельным лицензируемым видом деятельности, согласно ФЗ № 99-ФЗ.
Но есть нюанс: новый кабинет с фрезерным станком и 3D-принтером - это новое "место осуществления лицензируемого вида деятельности", а не просто перестановка оборудования. Такой кабинет нужно включить в действующую лицензию как дополнительный адрес/помещение, иначе формально работы там будут вестись без лицензии на этот объект - со всеми вытекающими штрафами по ст. 19.20 КоАП РФ (до 200 тыс. руб. и приостановка деятельности).
Отдельно нужно смотреть само оборудование: если станок и принтер используются для производства зуботехнических изделий (коронки, каркасы, съёмные протезы) - это медицинские изделия, и на них требуются регистрационные удостоверения либо статус "изделие, изготовленное по индивидуальному заказу" - тут разные правовые режимы, и от этого зависит, нужно ли что-то регистрировать отдельно или достаточно внести оборудование в опись к лицензии.
Также важен вопрос дезинфекции слепков/заготовок при передаче между кабинетами - Роспотребнадзор проверяет это отдельно, независимо от лицензии.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.