Здравствуйте.
Ехать в Якутию вас никто не может заставить - смена региона работы это перевод в другую местность, а он допускается только с письменного согласия работника, ст. 72.1 ТК РФ. Если в трудовом договоре у вас прописан конкретный объект/регион (Новосибирск), а не "работа вахтовым методом в любых регионах по указанию работодателя" - направление в Якутию это уже не распоряжение, которое вы обязаны исполнить, а предложение, которое вы вправе принять или отказать.
Отказ от такого перевода - это не прогул и не дисциплинарный проступок. Уволить "по статье" за это нельзя. Другое дело, что если объект закрывается и работы по прежнему месту нет, работодатель обязан либо предложить вам другую работу в той же местности, либо оформить простой по своей вине (ст. 157 ТК РФ - оплата не менее 2/3 среднего заработка), либо запускать процедуру сокращения с положенными выплатами. Молчаливое "само собой уволился" тут работодателю выгоднее всего - поэтому вас и подталкивают к увольнению по собственному желанию.
По удержаниям - список оснований, когда работодатель может что-то взыскать при увольнении, закрытый (ст. 137 ТК РФ): неотработанный аванс, отпуск "впрок", счетная ошибка, ваша вина в ущербе. Расходы на дорогу, проживание, спецодежду и т.п. в этот перечень не входят, если вы не подписывали отдельное соглашение о возврате этих сумм при досрочном увольнении. И даже то, что удержать можно - ограничено 20% от суммы выплаты за раз (ст. 138 ТК РФ), а не "почти всё".
Поэтому спешить с увольнением по собственному желанию точно не стоит - этим вы сами облегчаете работодателю списание сумм и лишаете себя права на оплату простоя/выходное пособие.
