Отказ может быть и законным, и незаконным - всё зависит от того, что именно написано в тексте указа о помиловании и по какой статье был приговор. Согласно ст. 85 УК РФ, акт помилования может освобождать от отбывания наказания, а может и прямо снимать судимость - это два разных правовых последствия, и в указах Президента формулировки часто различаются.
Если в Вашем указе прямо написано "освободить от отбывания наказания и снять судимость" - судимости юридически нет, и отказ пункта отбора незаконен, это можно обжаловать. Если же указ говорит только про освобождение от наказания (без слова "снятие судимости") - формально судимость сохраняется до истечения сроков погашения по ст. 86 УК РФ, и тогда вступает в силу другое правило: закон о воинской обязанности допускает приём на контракт лиц с неснятой или непогашенной судимостью за преступления небольшой и средней тяжести именно в период проведения спецоперации - но с исключениями по ряду статей (террористические, наркотические, против половой неприкосновенности, госизмена и некоторые другие). Пункт отбора обязан был указать конкретную причину отказа со ссылкой на норму - если он просто сказал "судимый" без разбора статьи и категории тяжести, это уже повод для формальной жалобы.