Здравствуйте.
Нет, только на основании какой-то "справки" из части военкомат не мог законно прекратить выплату денежного довольствия - признание военнослужащего умершим либо безвестно отсутствующим производится либо по медицинскому свидетельству о смерти (если найдено тело/установлена личность), либо через суд. Простого извещения от командира части для этого недостаточно.
По ч. 3 ст. 2 ФЗ № 306-ФЗ денежное довольствие пропавшего без вести военнослужащего выплачивается членам его семьи именно до момента официального признания его безвестно отсутствующим или объявления умершим "в установленном законом порядке" - а это порядок судебный. Причём если гибель связана с боевыми действиями, гражданское законодательство прямо ограничивает суд в сроках: объявить военнослужащего умершим в связи с военными действиями можно не ранее шести месяцев со дня их окончания, а не через 3 месяца после исчезновения. Три месяца - это, скорее, срок, после которого часть готовит документы для суда о признании его безвестно отсутствующим, но не для объявления умершим.
Получается, что либо у вас на руках уже есть вступившее в силу решение суда (тогда всё иначе, но вы бы про суд знали), либо часть просто сослалась на внутреннюю справку без судебного акта и без медицинского заключения о смерти - и в этом случае прекращение выплат довольствия неправомерно, его можно и нужно восстанавливать, плюс дополнительно у вас появляются права на совершенно другие, гораздо более крупные выплаты (единовременные пособия, страховка), если статус гибели всё же подтвердится официально.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.