Здравствуйте, Сергей.
Полностью отказаться от НИС и перейти на очередь за субсидией, скорее всего, не получится - если Вы обязательный участник НИС (включены в реестр автоматически, например как выпускник военного вуза после 2005 года), то для Вас накопительно-ипотечная система является единственной законной формой жилищного обеспечения, п. 2 ст. 15 ФЗ-76. Субсидию по линии Минобороны в этом случае оформить не дадут, обеспечение идёт только через накопительный счёт.
Но здесь важный нюанс, который в Вашей ситуации играет в плюс. У Вас льготная выслуга больше 20 лет при календарной 13 - а закон об НИС (ст. 11 ФЗ-117) в этом случае предусматривает довнесение на счёт дополнительных средств, как если бы Вы отслужили полные 20 лет календарных - то есть накопления довносятся до полного размера. Раз Вы не брали целевой жилищный заём (ипотеку), Вы можете получить эти накопления единовременно и использовать их на покупку жилья без всякой ипотеки - фактически это аналог субсидии, но через механизм НИС.
Если же Вы вошли в НИС добровольно (не автоматически) - тогда теоретически был период, когда можно было выйти из системы и встать в общую очередь на жильё/субсидию, но этот вопрос решается только через анализ Вашего личного дела и даты включения в реестр.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.